Обследование показало, что расположенный в 1 этаже продовольственный магазин, имеет общие сливные трубопроводы с жилым домом. Пожалуйста, подскажите, если дом постройки 1966 года, то было ли это (общая канализация) нарушением уже тогда? Если нет, то в соответствии, с какими нормативными актами должно было быть произведено ее разделение и когда?

Библиографию нормативных документов, касающихся проектирования и эксплуатации канализационных систем вплоть до 1966 года, рассмотреть затруднительно, да этим, я думаю, и  заниматься не стоит – только время убьешь в пустую.
Последним «советским» документом, в котором изложены требования к предприятиям продовольственной торговли, размещенным в жилых домах, является СанПиН 2.3.5.021-94 «Санитарные правила для предприятий продовольственной торговли». В пункте 3.3.17. раздела 3.3. «Санитарные требования к водоснабжению и канализации» указано, что «системы канализации предприятий продовольственной торговли, расположенных в зданиях иного назначения или пристройках к ним, следует предусматривать отдельными от систем канализации этих зданий».
Постановлением Главного государственного санитарного врача РФ  № 23 от 07.09.2001 г., введены в действие новые «Санитарно-эпидемиологические требования к организациям торговли и обороту в них продовольственного сырья и пищевых продуктов» СП 2.3.6.1066-01, в которых также прописаны те же требования:
3. Требования к водоснабжению и канализации.
3.3. Внутренняя система канализации производственных и хозяйственно-бытовых сточных вод должна быть раздельной с самостоятельными выпусками во внутриплощадочную сеть канализации.
Уровень выпуска производственных стоков оборудуется выше уровня выпуска хозяйственно-фекальных стоков.
Помещения с наличием сливных трапов, моечных ванн, раковин, унитазов не размещаются ниже уровня внутриплощадочной канализации, примыкающей к организации торговли.
Горизонтальные отводы канализации от всех производственных помещений вне зависимости от числа санитарно-технических устройств должны иметь устройства для прочистки труб.
На концевых участках канализационных горизонтальных отводов устраиваются «дыхательные» стояки для исключения засасывающего эффекта при залповых сбросах сточных вод из оборудования.
3.7. В организациях торговли, размещенных в жилых зданиях и зданиях иного назначения, сети бытовой и производственной канализации не объединяются с канализацией этих зданий.
Кроме того, в пункте 14.2. этого Постановления прописано, что «соблюдение настоящих санитарных правил является обязательным для индивидуальных предпринимателей и юридических лиц (ст.39 Федерального закона от 30 марта 1999 г. N 52-ФЗ "О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения", Собрание законодательства Российской Федерации, 1999, № 14, ст.1650)».
Таким образом, если даже ранее раздельные системы не были предусмотрены, то при капитальном ремонте инженерных систем здания это нарушение должно быть устранено. Так как рекомендуемая минимальная продолжительность эффективной эксплуатации чугунных трубопроводов канализации в жилых зданиях составляет 40 лет, то в Вашем доме их пора менять.