Погружные насосы опускают непосредственно в воду и используют в колодцах, естественных водоемах и скважинах, глубина которых не превышает 200 м. Так как основной областью применения таких насосов являются узкие скважины и глубокие колодцы, у них цилиндрическая форма и небольшой (от 3 дюймов) диаметр.
Главной проблемой погружных насосов при эксплуатации считают их относительную чувствительность к перепаду напряжения, довольно частому явлению в загородных электросетях. Для большинства подобных механизмов максимально допустимое отклонение от нормы не должно быть более 5%. У современных насосов имеются встроенные стабилизаторы, это избавляет их владельцев от установки сетевых фильтров.
Другая проблема - «сухой ход». Это ситуация, при которой каким-то причинам не происходит поступлении воды в насос. Возможно возникновение серьезной поломки - могут оплавиться и заклинить подшипники механизма. Производители современных качественных моделей насосов, как правило, создают многократную защиту, спасающую агрегат от таких поломок и, как следствие, дорогостоящего ремонта.
Применяются два вида агрегатов в зависимости от уровня чистоты водного источника. У одних всасывание воды осуществляется нижней частью, сквозь сетку, которая служит препятствием для прохождения крупных частиц. У других водозабор производится сквозь специальный патрубок, соединенного с плавающим фильтром, который поддерживается поплавком при помощи гибкого шланга. Это препятствует попаданию грязи и песка со дна колодца в насос. Для предотвращения захвата частиц, которые плавают на поверхности, фильтр располагают ниже на несколько сантиметров, чем уровень воды. Обычно так же организовывается забор воды в системе с поверхностным насосом.