Скорее всего, были применены несовместимые между собой отделочные материалы, поэтому из-за слабой адгезии (сцепления) отделочных слоев между собой и произошло образование «пузырей».
Но уж если это произошло, то следовало удалить «пузыри» до нанесения окрасочного слоя, затем зачистить поверхность потолка и снова нанести подготовительные отделочные слои. Тогда бы не произошло наматывания слоя пленки из шпатлевки и грунтовки, вместе с водоэмульсионной краской, на малярный валик.