Во первых, поскольку у Вас используются горючие кровельные материалы, высота трубы дымохода должна быть не ниже 2 метров над крышей. Если Вы использовали простую конструкцию трубы( не покупную), то и гидротеплоизоляцию необходимо обустроить самостоятельно. В продаже есть специальные силиконовые герметики для мягкой кровли, выдерживающие температуру до 70 С, также можно использовать для этих целей и специальную ленту Alutex (АЛ-1) из синтетического каучука с отражающим алюминиевым слоем. Но лучше выполнить гидроизоляцию старым проверенным и долговечным способом: залить щель между трубой и перекрытием цементно-песчаным раствором в виде конуса, предварительно обмотав трубу металлической проволокой (армирование) и конечно все это примыкание закрыть металлическим фартухом.