Как заделать соединение кровля-дымоход на деревянном рубленом доме, с учетом того, что дом будет садиться?

В вашем сообщении недостаточно информации для более полного ответа на поставленный вопрос. Так не ясно, какой тип дымохода устроен для отопительного агрегата, если это сэндвич-труба это одно, а если кирпичная труба – другое и т.д. Да и неизвестно, какой тип покрытия кровли.
При прохождении дымохода в виде стальной или иной трубы через крышу применяют кровельную разделку (рис.1). Представляет она собой коническую трубу с приваренным подкровельным листом и рассчитывается на определенный диапазон наклона скатов крыши, например, 5-20 градусов.
Благодаря конусности, крышная разделка фиксируется под нужным углом крыши, а подкровельный лист заводится под конек крыши или под ближайший верхний стык кровельного материала. Труба дымохода проходит через кровельную разделку и сверху – в узкой части конусной трубы уплотняется фартуком-хомутом.
Также можно наблюдать, что часто домовладельцы устраивают проход через кровлю печных или каких-то иных труб, используя листовые материалы. Устройством прохода по этому способу не достигается полная герметизация стыка «труба-кровля», да выглядит эта «заплатка» не совсем эстетично, особенно на кровле из металлочерепицы.
Проход через кровлю кирпичной трубы и ее гидроизоляция в этом месте не является стандартным аксессуаром кровельного покрытия, поскольку размеры печных труб разные. Обычно «фартук» выполняется из листа того же цвета, что и кровельное покрытие. Следует обратить внимание на то, чтобы материалы, которые будут соприкасаться с трубой, были термостойкими, в том числе и гидроизоляция. Особенно это важно, если печь выложена без учета требований нормативных документов, и температура трубы может быть высокой.
Гидроизоляция поднимается на трубу, при этом верхняя кромка «фартука» убирается под выпущенную на трубе четверть кирпича или, при его отсутствии, загибается в штроб глубиной не менее 15 мм. Желательно, чтобы штроб имел небольшой наклон вверх. Затем стык герметизируется термостойким герметиком.
Сам «фартук» имеет покатые полы для более легкого стока воды и в местах захода под кровельное покрытие обстукивается киянкой и заделывается уплотнителем и герметиком.
Кроме того следует учесть, что от трубы до стропил должно быть достаточное расстояние для вентиляции.
Чтобы устройство гидроизоляции мест прохода дымовых труб через кровлю не мешало свободной осадке дома при усушке древесины в первые год-два эксплуатации дома, следует исключить жесткое соединение нижнего и верхнего элементов «фартука» с дымовой трубой.