Положить на рубероид Вы можете не только профнастил, но только с какой целью? К сожалению, Вы не указали этого, а также, что представляет собой основание, на котором настелено покрытие из рубероида.
Если основание позволит закрепить профнастил, как говорится, на здоровье.